La cripta delle Sante Cristina e Marina a Carpignano Salentino è considerata una delle strutture di questo tipo più antiche del Salento; risale infatti al IX-XI secolo. La dedica anche alla Madonna delle Grazie è dovuta al ritrovamento di un’iscrizione nella seconda metà del Quattrocento. Dopo il 1775, a seguito di alcuni miracoli, la chiesa fu frequentata assiduamente, fu costruito un nuovo altare e vennero fatte alcune ristrutturazioni.
Scavata nella roccia tufacea, presenta una planimetria irregolare a cui si accede tramite due ampie scalinate. La chiesa viene generalmente divisa in due sezioni: una dedicata a Santa Cristina ad est con quattro pilastri, ed una, più piccola, ad ovest, dedicata a Santa Marina. Sulla parete nord-est vi sono due absidi.
Interessante è un piccolo angolo appartato collocato all’ingresso della sezione dedicata a Santa Marina, in cui i devoti andavano ad orinare per prevenire o curare, secondo una tradizione popolare, l’itterizia: la Santa era infatti evocata come guaritrice.
Di enorme valore storico e artistico sono gli affreschi che costituiscono l’esempio più antico della pittura bizantina in Puglia. Nella piccola abside a destra troviamo Cristo benedicente in trono con ai lati la Vergine Annunciata e l’Arcangelo Gabriele. A sinistra del trono un’iscrizione che ricorda il committente, il prete Leone e sua moglie Crisolea, il pittore, Teofilatto e la data, 959.
Nell’abside a sinistra sono invece affreschi datati dall’iscrizione al 1020, realizzati su commissione di Aprile da Eustazio: Cristo in trono benedicente, la Vergine Kyriotissa e sulla parete sinistra Santa Cristina, rappresentazione che si ritrova più volte, come nel trittico sul pilastro che vede la santa insieme a San Nicola e San Teodoro. Nell’ endonartece, di fronte alla scale d’ingresso, troviamo l’altare del 1775, sulla cui nicchia ovale vi è l’immagine della Madonna delle Grazie originariamente bizantina e in seguito ritoccata nel XV e nel XVIII secolo. Infine un’immagine da alcuni attribuita a Santa Marina, di cui rimane solo il volto. Sul fondo della parete a sinistra è collocata una tomba ad arcosolio affrescata con iscrizione metrica in greco che dà informazioni sul defunto, il giovane Stratigoulés, per il quale il padre, uno spatrio (piccolo funzionario statale) fa dipingere la tomba affidandone l’anima a Santa Cristina, al centro dell’iscrizione, a San Nicola e alla Vergine Kyriotissa nel sottarco. A questo gruppo va ricollegata anche la figura di San Biagio, rappresentata sulla parete occidentale.